台湾的总统马英九二十五日傍晚发表措词强烈的声明，对国民党主席朱立伦在中常会上做出对王金平党籍案的决定，表达失望与不能认同。马英九强调，面对大是大非的司法关说争议，国民党不能乡愿，也不能和稀泥，必须捍卫党的核心价值，否则无以对百万党员交代。

　　国民党主席朱立伦二十五日下午在中常会对王金平党籍案做成决定，他说，中常会依据社会及法院的指正意见，已经修订「中央考纪委员遴选办法」、「党员违纪处分规程」，并经会议纪录确定在案，自然没有再针对本案委任律师上诉的必要。还强调，王金平确认是国民党党员同志，没有疑义。

　　朱立伦的作法，等于认同法院见解，承认国民党考纪委员的产生不符民主原则，因此所做的决定无效。这么一来，马英九任内撤销王金平党籍的处分案实质上已经被翻案，对马英九来说情何以堪。

　　马英九在声明中指出，高等法院的判决，完全昧于政党实际的运作，忽略「人民团体法」对政党的监督管理采取「低度管理，高度自治」原则，同时也彻底否定国民党的考纪制度，变相纵容党员违纪，对日后每一次重大选举都会产生不利影响，也对党的公信力及制度造成无可回复的伤害。

　　马英九认为必须上诉最高法院的关键是，一二审法官都认为，社团涉及会员除名事项，必须加开会员代表大会，由会员代表过半数出席，出席人数三分之二以上同意，才符合法律规定。如果不上诉最高法院，将来国民党内部涉及党员除名的处分案，都必须召开全国代表大会，这对于党员超过百万，一年开一次党代表大会的国民党，根本不可行。而且此例一开，过去违纪的党员，都可以宣称考纪委员会不合法，所作的处分无效，而不予理会。

　　马英九指出，一、二审是事实审，第三审是法律审，第三审正可以让最高法院的法官，对下级法院有关党员除名的法律见解作出改变，以谋解决。否则党的考纪制度毁坏，影响的将是未来整个党的运作与纪律，尤其对即将展开提名作业的立委选举，影响更大。

　　国民党党务人士则表示，处理立法院长王金平党籍案的原则是兼顾程序正义和大是大非，寻求一个平衡点，对前国民党主席马英九的声明可以理解，但坦承无法面面俱到。