二战时期，在太平洋战场上的美国海军防空体系可谓是经受了一次地狱般的考验——既有战争前中期的百机大空战，成编队的高强度空袭。也有后期的神风特攻——精确并且突然性强。早在战争结束前，美国海军就已经着手研发新时代的防空武器，以替代已经显出疲势的传统火炮系统。在这个项目上形成竞争关系的是海军航空局（BuAer）和海军军械局（BuOrd）。海军航空局拿出的最早的导弹来自于无人飞行器项目。海军军械局的导弹则更像火箭弹一些，他们称呼做“秘密武器”。在这两者的竞争中，海军航空局明确的将导弹称作“未来的武器”，海军军械局也认为导弹将会是火炮的替代者。更重要的是，如果军械局在未来不能掌握海军导弹，那么以他们自己的话说，海军军械局将会变成海军老式军械局。

海军航空局与海军军械局对于早期导弹的思路有明显区别。航空局很早就对于无人的小型螺旋桨靶机有浓厚的兴趣。早在1937年，海军航空局的大佬法尔尼（Fahrney）就建议将这种无人机发展成多用途军用飞机，包括截击轰炸机和对地攻击，并且和正常的飞机一样，可以从地面起飞。这个项目后来由海军航空局初级飞机设计所接手，在1940年中开始并且一年后做出了成品，被称作“航空鱼雷”，它是一种中单翼螺旋桨飞机，装备一具170马力引擎，可以飞到243mph。以当时的技术水平看，这种无人飞机甚至追不上需要它拦截的轰炸机。设计所很果断的终止了螺旋桨动力设计，转向使用更强的动力源，比如火箭发动机或者新锐的喷气发动机。

1943年五月，当时在NAMU（Naval Air Material Unit）的法尔尼和伊万·德里格斯重启了这个计划，安装一部新的9.5英寸直径的西屋涡喷引擎，可以飞到510mph的速度，并且可以在空中和地面发射，它就是后来高根导弹计划的开端。它被计划用来截击敌军大型飞机，或者攻击地面目标。备选的导引系统包括电视指令制导，雷达制导，或者热成像制导。在空对空作战时还会安装近炸和撞击引信。并且NAMU还设计了多种替代的机身和动力方案，机身用罗马数字区别，动力由大写字母区别。在1943年末，海军订购了高根II和高根III导弹各25发，但是这个订购计划很快随着计划进行被更改了。当时的NAMU对于空对空导引头的问题可能是有点过于乐观了，从而把精力都集中在改进机身和动力上。使用脉冲引擎的高根II和火箭引擎的高根III在45年接受了测试，当时发**一发使用TV指令制导的高根IIA导弹，导弹工作正常并且顺利的脱靶了十万八千里。因为根本没人能在当时空战的速度下手动操作这样一款导弹获得命中。其余的几种自动导引头也被证实不适合空战，这导致整个高根计划被推迟了一年。尽管如此，海军航空局还是顺利拿出了美国海军第一款正经的对空导弹，并且在45年8月拿到了各类型号加起来上百枚的订单。高根导弹在45年后被正式接收时已经更改编号，变成了测试导弹或作其他用途。

1943年九月开始，德国在战场上投入了制导炸弹和制导火箭——一种可以从军舰的防空火力范围外攻击的武器。1944年五月，美国海军成立了导弹委员会，海军航空局和海军军械局顺理成章的在这里开辟了新战场。不同于高根导弹的是，导弹委员会的任务是根据战时需要开发一种实用的导弹——这点使得除了军械局的大黄蜂计划以外的导弹发展计划都没有延续到战后。

海军航空局在战时导弹研制的代表性作品——云雀导弹，是第一种提出主动雷达引导和多模式制导概念的导弹。说到它的诞生就不得不提及一个人物：Grayson Merrill。他在1929年加入海军学校，曾在西弗吉尼亚号战列舰上服役。随后他进入国家科学院，参与了海军导弹从无到有的全过程。战后50年代还参与设计了潜射北极星导弹潜艇的设计工作，在2011年去世。

在他的备忘录里描述了这样一种导弹。它的目标是高空高速，并且能在火炮防区外投放武器的轰炸机。这种武器应该要能从巡洋舰和战列舰上发射，拥有1300磅的总重，150磅战斗部，11英尺长，8英尺翼展和15英寸的直径，并且可以达到650mph的速度。他们把资源集中在亚音速版本的开发，希望可以让云雀赶上战争，但事实上直到1944年末没有任何一种云雀方案达到可以服役的状态。到1945年，云雀的整体布局被确定下来，并且确定了舰载反神风攻击，反侦察机，反空射防区外武器的任务目标。当年五月，海军和仙童公司签订了100枚测试型云雀导弹的生产协议，不过由于仙童公司的进度缓慢，六月海军又和联合伏尔梯公司签订了100发导弹的后备协议。同年八月，仙童和康维尔公司的云雀导弹分别被给予了KAQ和KAY的编号，并且KAQ-1和KAY-1的测试飞行很快在1946年开始。

两家公司的导弹均使用LR2-RM-2液体火箭引擎作为推进器，并且安装两具固体火箭用于起飞。在随后的KAQ-2和KAY-2导弹上使用了更加先进的LR2-RM-6引擎。云雀为了操控性和稳定性，使用了十字形的主翼和尾翼，并且推进器的机翼也用了一种很古怪的方形布置。两种云雀都使用雷达近炸引信的45公斤战斗部，在早期飞行中他们都使用简单的人工无线电信号导引系统，但从1947年开始这个系统被要求做成无人化指令系统。

在1947年九月开始，几种试验中的云雀导弹都得到了海军的新编号。KAQ系列被命名为XSAM-2/2a，分别对应KAQ-1/2。KAY系列被命名为XSAM-4/4a，分别对应KAY-1/2。

其中值得一提的是仙童公司的XSAM-N-2最终使用了“天空云雀”的导引系统，它包括无线电指令中段制导和半自动雷达末端制导，舰载雷达火控负责跟踪云雀和目标飞机，计算截击航线并且在必要的时候指令导弹机动。在16公里内的距离上，SAM-N-2可以使用自带的AN/DPN-7雷达进行引导。康维尔的SAM-N-4使用“黄蜂”雷达驾束中端引导系统，自带的AN/APN-23雷达可以实现主动末端导引。

1950年开始云雀在导弹测试舰诺顿湾号上开始进行舰载测试，并且取得了多次成功截击目标的成绩。但不幸的是，由于竞争对手海军军械局的大黄蜂计划被认为更有希望，最后云雀计划还是在1950年被取消。计划取消后剩余的云雀导弹被当做测试载具供陆海空使用，XSAM-N-2改名CTV-N-9，XSAM-N-4改名CTV-N-10。在50年代早期，这些云雀导弹用于评估导弹的设备，发射程序和雷达导引系统。用于陆军测试的RV-A-22还用于改进MGM-18“曲棍球”短程战术导弹的导引系统。

几乎和航空局的云雀计划同时，军械局也开启了自己的面对空导弹计划，他们把这个任务交给了成功开发出VT引信的约翰霍普金斯大学应用物理实验室，这个实验室在海军导弹领域有着权威的地位。作为项目主导的Merle A Tuve博士建议在导弹上使用冲压引擎，以在紧凑尺寸内尽可能满足速度，射程和高度需要，并且这个提议得到了海军作战部长的同意。在1944年12月4日，军械局启动了代号为大黄蜂的研制计划，该计划的产物全部以T字头命名，包括后来著名的黄铜骑士（Talos），小猎犬（Terrier），鞑靼人（Tartar）和提丰（Typhon）防空导弹，它们构成了战后海军防空的体系。不过在这个时候，大黄蜂计划仅仅是和云雀计划竞争的项目而已。海军面对的问题就要现实的多——海军行动距离日本本土越近，受到的神风攻击压力也就越大。海军发展导弹的初衷很简单：现有的防空武器很难应付新出现的空中威胁了。眼前的问题急需解决，两大局虽然打得火热，但是实际的导弹依然遥遥无期。参谋部长办公室在45年2月成立的海军喷气导弹委员会直接提醒各方：海军推进导弹项目是基于急迫需求的，并且要把对付神风攻击作为研发的第一要务。这番表态鼓励了NAMU站出来，推销自己的极简方案。

小乔（Little Joe）舰对空导弹是NAMU的临时代替方案，它基于航空喷气公司 8AS1000 JATO（喷气助飞）固体火箭引擎，并且安装有四具76mm火箭辅助推进。弹体上装有十字形鸭翼和主弹翼，本体是一颗装有陀螺仪的100磅通用炸弹，使用VT近炸引信，导引方式采用有人无线电导引，需要操作员目视控制导弹。45年5月10日小乔导弹设计完成，当月30日方案被BuAer通过，获得测试编号KAN-1，7月20日就首次试飞。因为使用了大量在当时比较简单可靠的技术，至少在应急的角度上是相当成功的一个方案。随后的改进型KAN-2导弹更换了主发动机，因为原本使用的8AS1000发动机工作时产生的烟雾太大，很容易干扰操作员对导弹的观察。随后的型号还在尾翼上加装焰火盒以帮助观察导弹。不过这个简单快速的方案在战后也被简单快速的放弃了，仅有15枚导弹被制造和测试。

海军导弹计划在战后也得到了长足的支持，究其原因是因为两大局都认为导弹武器是未来发展的方向。尽管不知道未来美国将会在海上遇到如何的对手，当时海军中几乎所有人都认准发展高科技不会有错。这种思潮最后还是带来了一些困惑。