台湾总统马英九在选举结果揭晓后，立刻致电向刚当选总统的民进党主席蔡英文祝贺。由于民进党也获得立法院多数席次，且立法院新会期二月一日即将展开，马英九向蔡英文表示，他希望任命获得多数立委支持的人担任阁揆，希望蔡英文以国家社会为重，愿意前往总统府商议。不过蔡英文随后在国际记者会上公开拒绝。

民进党这次在全部113个立委席次当中拿下68席，比过半的57席还多了11席，可以说是大获全胜。但政府随即面临问题，因为新选出的立委二月一日就要上任，马英九的总统任期却要到五月二十日交接为止，这三个多月期间，如果仍由国民党人士担任阁揆，政务势必难以推动。

蔡英文则在答覆台湾媒体询问时回应说：

「多数党组阁的议题，朱主席在竞选过程中有抛出，很多宪法学者提出很多不同意见，代表这样的主张有很大的宪政争议，国家体制的实践，不应该建立在一个有争议的议题上面，这个问题，我的立场来看，必须回到修宪的程序上来处理」

蔡英文说，她担心马总统的建议会造成权责不清，政局会更混乱，她建议马总统任命一个称职的看守内阁，这个内阁应谨守份际，尊重国会，与各政党保持密切沟通协调，确保交接过程政局的平稳。