民进党在16日的大选中一举夺得台湾的行政权与立法权，使得蔡英文历史性地成为第一个民进党掌握绝对多数的总统，走出陈水扁时代国会被泛蓝阵营掌握的“小”总统格局。国民党也历史性地彻底成为在野党。而这一结果是台湾内部的“华独”与“台独”对国民党偏向“华统”的两岸政策反感，共同促成。两者外表虽然类似，都属于所谓的“天然独”，实则有根本差异。本次大选蔡英文虽顺利成两派共主，未来四年如何整合两者，则是个难题。

“华独”指的是希望中华民国能够像其他国家那样，在国际间取得普遍承认，光谱偏向“两个中国”，属于台湾内部的“中华民国派”。

“台独”指的是希望台湾能够从中华民国手中独立，抛弃中国人的身份认同，建立完全台湾人身份认同的国家，光谱偏向“一中一台”。

华独派本次被周子瑜道歉事件所激怒，因为发现国民党长期以来的“九二共识、一中各表”实为谎言，北京当局自始至终从未承认可以“各表”。亦即，中华民国变成只能在家里关起门来喊，出外四处碰壁。他们不能忍受“中华民国”为了维持两岸关系的稳定，必须接受实际上不存在的“九二共识”的框架，满足于虚拟化的国际人格，让中华人民共和国决定中华民国的国际地位、邦交国数目，甚至生死。这种现象以中国典籍《孟子》的话来说，就是“赵孟贵之，赵孟贱之”，大陆随时可以收回去。

选前，台湾的网络上出现：国民党在国内爱拿国旗、说爱台湾，出了国门就把国旗收起来，就开始卖台湾；民进党在国内不爱拿国旗，经常骂台湾，出了国却把国旗拿出来，开始爱台湾。

还有些说法是，国民党在台湾内部只要遇到“天朝”（北京）官员来台湾，就自动把国旗收起来，并打压拿国旗的民众。反而民进党这时候最喜欢拿国旗去面对北京。这种说法常以海峡会会长陈云林在2008年11月访问台湾时，警察多次阻止、甚至驱逐民众拿国旗，但是却允许统派民众手持五星旗欢迎陈云林为例。

蔡英文相当清楚她必须同时掌握这两者，才能让选票极大化。因此她在16日晚间的胜选感言中多次提及“中华民国”，目的之一也是回应“华独”。

但是，虽然大部分独立倾向的民众游移在两者间，然而两者在国家认同上有根本的差异。因此未来蔡英文能否成功整合两者为一，可说是艰钜的挑战。或许，借由两者对台湾的共同认同，是一条出路。