新疆公安边防部队当前的“反恐维稳”战略，集中在与当地群众密切协作，加强对边境通道的检查，以及建立一个拉近新疆边防部队各级关系的新的“沿边防控网”。由于新疆地区范围大，边界线长，单靠公安边防部队的有限人力，几乎不可能覆盖所有的边境出入口。这种情况下，当地群众的协助就成为必要。
建立一个集合新疆公安边防部队各力量的网络，可能是该战略的最重要部分，因为反恐要求机构间和内部的广泛协作。当地群众的协作、新技术和加强训练都是重要因素，但由于边境环境的复杂性，国际合作对反恐成功同样重要。另外，训练有素的边防人员是落实反恐战略必不可少的。
不过，打赢反恐战必不可少的是获取和分析情报的强大能力。这方面是公安边防部队的弱点。情报分析教育不足对总体专业水准不利，而缺少机构间情报分享是降低公安边防部队、乃至整个公共安全系统防止恐怖袭击效率的首要因素。另外，公安边防部队太过于依赖来自群众个人的线索，这限制了获取信息的数量。此外，情报的保存与保护也远非专业。
总之，公安边防部队是一个对中国反恐战至关重要的组织。该部队尽管在反恐战略和训练方面取得进步，但若想打赢反恐战，仍需下大力气改善情报能力，比如建设情报分享网络、可靠的情报保护体系和专业的反谍机构等。
