1941年4月，在德国和意大利的支持下，在南斯拉夫王国的废墟上建立了所谓的克罗地亚独立国(NDH)。两个月后，当德国入侵苏联时，NDH本可以轻易地置身于那场冲突之外。东线离得很远，希特勒在那场战争中不需要它的武装部队。
 

       然而，6月23日，巴巴罗萨行动开始的第二天，克罗地亚法西斯组织乌斯塔沙的领导人安特·帕韦利奇正式向元首通报说，“NDH想要加入对苏作战，并准备将军队派往东线。希特勒接受了这个提议。

       然而，帕韦利奇的政策在克罗地亚社会内部造成了分裂，其中很大一部分不支持在该国掌权的纳粹。得知德国于1941年6月22日入侵苏联后，由约瑟普·布罗兹·铁托(一半克罗地亚人，一半斯洛文尼亚人)领导发起了一场大规模的武装抵抗运动，反对乌斯塔沙、德国纳粹和意大利法西斯。这场运动势头迅猛，在接下来的几个月里，蔓延到克罗地亚、波斯尼亚和黑塞哥维那(已被NDH吞并)、黑山和塞尔维亚的大部分领土，团结了反法西斯的塞尔维亚人、波斯尼亚穆斯林、黑山人、马其顿人和斯洛文尼亚人。

       铁托的游击队成为欧洲纳粹占领国家中最强、组织最好的反法西斯武装。从1941年的8万人到1945年的80万人。

       NDH的大部分武装部队不得不留在克罗地亚领土上，以便同德国和意大利一起对抗铁托的游击队。因此，派遣到苏联的NDH部队大部分由志愿者组成。

       为了对抗苏军，由4000人组成的第369增援步兵团，也被称为“克罗地亚军团”成立。它的核心是克罗地亚人，但也有许多波斯尼亚人。

       该团成为国防军第100轻步兵师的一部分。克罗地亚人穿的是德国制服，上面有红白相间的格子标志，上衣袖子上部和头盔侧面刻有“Hrvatska”(“克罗地亚”)字样。

       1941年10月初，克罗地亚军团的成员抵达乌克兰，在那里他们加入了德国南方集团军群。“德国人对我们很不好，”被苏联军队俘虏的反坦克防御连士兵马尔科·布莱科维奇(Marko Blajkovic)回忆道。“当我们来到一个村庄，德国人占据所有的营房，而我们不得不睡在田野里。这常常引起克罗地亚人的愤怒。而且，与德国人相比，克罗地亚人得到的食物配给更少。”

       1942年9月27日，作为第100轻步兵师的一部分，克罗地亚军团进入斯大林格勒。它成为唯一一支与德国结盟的外国部队，在城市的街道上作战，而不是像意大利和罗马尼亚军队那样在保卢斯第六集团军的后方驻扎或掩护侧翼。

      克罗地亚军团的成员认为这是一种巨大的荣誉，并参加了一些激烈的战斗，以到达伏尔加河的河岸，在那里，他们参与了一场血腥的战斗，以争夺Krasny Oktyabr冶金厂。

       这是第二营指挥官伊万·科里奇(Ivan Koric)描述他的部队在斯大林格勒战役中的表现：我们正在向第227团的阵地推进，在月光下爬过轰炸后留下的巨大壕沟。苏联飞机很容易就发现了我们，并开始向我们投掷白磷弹，爆炸后发出明亮的火焰。我的许多士兵被活活烧死。那是一幅可怕的景象。未受伤的士兵跳起来，跑去救他们正在燃烧的战友。我的营现在隶属于227团，前进非常艰难，为每一座建筑而战。”

       根据一些消息来源，德国总参谋部为了表示尊重，将把第100个轻步兵师重新命名为第100个德国-克罗地亚轻步兵师。然而，1942年11月19日，当苏联突然发起大规模反攻时，谁也不再考虑名字的问题了。

       经过冬季的激烈战斗，军团实际上已经不复存在。幸存者被苏联俘虏。大约1 000名克罗地亚军团成员从斯大林格勒乘飞机撤离。他们加入了新的克罗地亚步兵第369师(“魔鬼”师)，该师当时正在巴尔干半岛与铁托的游击队作战。他们再也没有回到东线。

       需要指出的是，并非所有的NDH军人都是作为德国军队的一部分参加战斗的。在意大利人的要求下，一支由1200人组成的克罗地亚轻型运输旅被部署在苏联境内的意大利第八军。它在1942年12月的顿河战役中被消灭了。

       1941年10月初，南方集团军群不仅有第369增援步兵团加入，而且还有克罗地亚空军军团的第4战斗机中队。驾驶梅塞施密特Bf 109型飞机的克罗地亚飞行员受到了德军司令部的高度赞扬。

       在1944年7月返回巴尔干半岛之前，克罗地亚总共击落了283架苏联飞机。14名飞行员被授予王牌飞行员，这是授予击落至少5架敌机的飞行员的称号，4名克罗地亚飞行员被授予一级和二级铁十字勋章。

       击落最多苏联飞机(44架)的克罗地亚飞行员是马托·杜科瓦奇。但这并不妨碍他转到苏军那边去。他在1944年9月20日做了这件事，尽管根据另一种说法，他实际上是被俘的。后来，杜科瓦奇在苏联和南斯拉夫空军担任教官。

       克罗地亚空军军团的另一部分，第五轰炸机中队，在更靠北的地方活动。它装备了德国多尼尔-17轰炸机，参加了列宁格勒和莫斯科的轰炸。

       从1941年秋天开始，克罗地亚海军军团(后来成为德国海军的一部分)开始在黑海作战。同他们在步兵和空军部队的战友一样，他们穿着德国制服，袖子上有克罗地亚国徽的徽章。该军团装备了扫雷舰和高速攻击艇，承担着布雷，保卫海岸，搜寻苏联潜艇的任务。1944年春，它被解散，该部人员前往亚得里亚海作战。