永野、岛田众人立即“唰”地一声肃然起立，慷慨陈词：“海军全体将士，愿为帝国和陛下效命沙场，虽死无憾!”

　　对永野等人的表态，裕仁显然非常满意。他接着问：“如何向广大国民交代这次作战的结局呢?”

　　东条立即建议：“现在我们的将士正在各个战场浴血奋战，切不可把此消息泄露出去，否则将大大影响官兵的士气。”

　　此举无疑是在为海军遮羞，对此永野等人立即表示赞同，同声附和东条，“事情还是要绝对保密为好”。

　　东条建议公布阿留申的作战结果，以转移人们对海军惨败的注意力。在隐瞒事实这一点上，裕仁无疑扮演了非常积极的角色。他要求必须采取严厉措施，不管对军队还是民众“严密封锁海军战败的消息”。这样除天皇和极少数高层人士，外界很少有人知晓事情的真相。即便是部队高级将领，知情者也寥寥无几。陆军中的大部分人据此认为，海军依然具备大规模进攻的能力。

　　6月14日，战败之师日本联合舰队重返柱岛。即便到了日本近海，所有人依然不敢有丝毫懈怠，到处都有美军潜艇出没的警报。为保证最后一段航程不再遭袭或出现之前的碰撞事故，佐伯海军航空队派出了引导飞机。主力舰队顺利通过了丰后水道。“大和”号在傍晚19时顺利抛锚。当晚，欢欣鼓舞的东京市民举行了彩旗和提灯游行，热烈欢迎帝国海军“凯旋归来”。

　　第二天一大早，“长良”号轻巡洋舰就向一艘快速战列舰徐徐驶近，一艘艘小艇满载原第一航空舰队司令部的南云、草鹿、源田等人，他们一个个精疲力竭，神情沮丧地登上了后来被称作第三舰队的临时旗舰“雾岛”号。在这艘舰上，源田的助手吉冈忠一少佐于6月21日完成了著名的《南云报告》。

　　在此之前的6月11日，裕仁已谕示军令部，中途岛的伤者必须在严格保密的情况下返回，禁止与外界发生任何接触，“直到他们伤愈之后精神振作，缄口不谈往事，重新得到新任命为止”。这一严酷指令一度让水兵们开始质疑天皇的所谓“仁慈”。

　　舰队回到柱岛时，上述命令立即得到严格执行。伤病员未能弃船登岸，而是直接被转移到医务船“冰川丸”和“高砂丸”上。随后618名伤员分别被送至吴港、佐世保和横须贺海军医院。船靠岸的时间选择在深夜，为的是不让更多人看见。伤员们沿着一条由海上警察严密警戒的道路被秘密送进基地医院。他们中的大部分人被列为“特殊病人”隔离在特殊病房里，不允许与外界接触，甚至父母和妻子也不能探望。这样，帝国海军铩羽中途岛的消息就不会被传播出去。

　　病员中也包括大名鼎鼎的渊田中佐，他是在担架上被盖得严严实实从医院后门抬进去的。渊田认为这实际是以医疗之名行监禁之实，他甚至觉得自己变成了一名战俘。身上的伤虽然很痛，但更痛的伤在内心深处。只有得到特殊许可的医护人员才能出入病房。禁止任何形式的通信，连家书也不能传递，严禁接打电话。日本海军已给这些人打上了“绝密”的印戳，将他们当作“绝密件”封存了。个别人在这里一住就是一年，甚至更长，还常常因战败受到医护人员的羞辱。

　　一次，一名护士夹带着一份《朝日新闻》进入了“加贺”号鱼雷机飞行员前田武飞曹长的病房，报纸上醒目的大标题显示，日本人在中途岛再次取得“大捷”。在渊田和前田看来，这完全是弥天大谎。渊田认为美国人肯定是知道真相的，他们会迫不及待地将之公布于众，纸终究包不住火。他认为明智的做法是向民众公布真相，以此证明政府相信并依赖民众的勇气和决心。如果政府采取如此简单而粗暴的欺骗方式，这场战争日本已经输定了。

　　那些未受伤的人也被当做二等公民看待。很多幸存军官被发配到边缘地区或荒岛任职，大部分士兵迅速被派往南太平洋作为补充兵员，不许回国探亲，在出发之前不能和家人道别。一些人禁不住为之哀叹道，“除非阵亡，否则是不可能回国的”。帝国海军高层就是用这种残忍的方式让官兵为他们的错误买单。

　　虽然拍摄的影像资料已在大火中焚毁，但记者牧岛照样被关进收容所好几个星期。释放他的条件是今后禁止踏入东京一步，否则就会被宪兵队无情逮捕并关押。牧岛随后也被发配到了南太平洋。

　　草鹿也发现官方报刊到处都在吹嘘根本不存在的中途岛大捷，而没有像他之前建议的那样把战败的真相告诉国民，对此他既愤怒又反感。草鹿懂得保持官兵斗志的重要性，但认为要取得战争胜利，全国民众都必须认真对待这场战争，必须让他们了解战争的真实情况。他们不仅可以分享胜利的欢乐，也应分担失败的忧愁，这才称得上一场全民参与的国家战争。

　　在北方阿留申群岛的中泽佑大佐发现，官方已制定了一系列政策，尽量在口头上缩小中途岛惨败的损失。6月10日，他和细萱接到了军令部次长伊藤中将和海军次官泽本中将联合发来的一项通知：“兹决定公布中途岛战役我方损失如下：1艘航空母舰损失，1艘航空母舰遭重创，1艘巡洋舰受重创，35架飞机未能返回。”到15日，联合舰队参谋长宇垣正式宣布：“除大本营公布的信息之外，不管在海军内部或者对外部人物，都勿要提及有关中途岛和阿留申战役的任何情况。在海军内部公布‘加贺’号已经损失，‘苍龙’号和‘三隈’号严重受损，这几艘舰的名字将不对外公布。”