尽管蒋介石将台湾作为第一防务据点，但是，他仍然想尽力保有大陆的西南地区。5月14日，他确定大陆基地以重庆为主。6月3日，李宗仁在广州召开会议，决定 以广州为政府所在地，但为加强战时体制，发挥战时功能，在重庆设立办事处，分地办公。6月11日，国民党中央常务委员会推荐12人组成非常委员会，蒋介石、李宗仁分任正副主席。蒋决定于7月初赴广州成立非常委员会并巡视重庆等地。

　　10月12日，李宗仁的广州政府宣布迁往重庆办公。26日， 李宗仁向刚刚到达重庆的中央非常委员会秘书长洪兰友表示，当前诸多问题均难以决定，四川人事纠纷，地方问题棘手，希望蒋早日来渝，商量解决办法。27日， 李宗仁约洪晤谈，再次表示大局艰危至此，难以肆应，望总裁早日莅渝。29日，白崇禧也自重庆电蒋，要蒋来渝主持大计。11月2日，蒋电覆白崇禧表示，目前 须部署保卫台湾各种事务，当可于月中到渝。4日，白约蒋的亲信吴忠信面谈，声言情势已达最严重阶段，希望蒋早日来渝领导，并亲笔写了一封信，请吴专程赴台 敦请。白甚至表示，他个人主张李宗仁仍为“代总统”，请蒋复出为“总统”。这时，李宗仁已经感受到了这种气氛，不愿列名于“劝进”之列，便于此前一天以 “出巡”为名，飞往昆明，会见云南实力派首领卢汉。卢汉建议，联名向蒋介石发电，建议将政府迁到昆明，待蒋到后，将他扣起来，“一块一块割掉他，以泄心头之愤”。李宗仁发觉卢汉不稳，担心卢可能也会将自己扣起来，向中共“献礼”，便匆匆离开昆明。

　　这 段时期，陈立夫、阎锡山等函电交驰，纷纷表示“中枢几成无政府状态，上下惶惑，不可终日”。11日，蒋介石征询吴稚晖的意见，吴赞成蒋赴渝，但提出万不可 让李宗仁脱卸政治责任。对吴的策划，蒋介石非常赞同。11日，蒋决定“顺从众意”，飞渝以尽人事，以“无名义”负责主导，日记云：“明知其不可为，而在我 不能不为也。”

　　11月14日，蒋介石飞抵重庆。18日召集党政干部会商时局，蒋心知与桂系已无法合作，但仍致电白崇禧，嘱其陪同李宗仁返 渝。但李在此前一天已致电阎锡山，声称胃病复发，须在南宁休息三数日。20日，李宗仁委托白崇禧到重庆向蒋报告，李已于今日上午飞往香港，同时又托李品仙 携函致蒋，声称十二指肠有流血现象，须转美检验，必要时手术治疗。蒋认为李宗仁此举属于“临危弃职”，飞往英属香港是丧失“国格”的行为。21日，蒋约见 白崇禧，表示决不于此时“复行视事”，同时派居正、朱家骅等人代表国民党中央，携蒋的亲笔函赴港，探望李宗仁病况，劝李返回重庆。

　　蒋介石原以为中共部队会从陕南进攻川北，因此在当地布置重兵。但他没有想到，毛泽东却命令刘伯承和邓小平率第二野战军采取“大迂回之动作”，首先进 攻贵州和四川东南部。11月15日，占领贵阳。次日，占领川东门户彭水，宋希濂所部10万人迅速溃败，二野从南面、东面两个方向进逼重庆。蒋介石不得不急 调第15兵团罗广文兵团到长江南岸的綦江布防，同时命胡宗南部撤守川北，千里转移，将兵力集结于成都地区，又命胡部第一、第三两军火速来渝，并希望胡亲来 指挥，与中共进行重庆会战。27日，二野占领綦江，罗广文弃军逃跑。

　　重庆岌岌可危，蒋介石曾多次想到自杀。11月28日，他在林园的莲亭写下一段感想：

　　党与国由总理一手创造，由中正一手完成，余爱此党此国，甚于爱子，岂仅视如至宝而已。时至今日，由余养育完成之党国，而由余毁灭之，此境此情，将何以堪！