就像所有满洲人一样，顺治皇帝极其恐惧痘症，因为成人得了这种病也是可能致命的。在皇宫中特别设有奉祀痘神娘娘的庙坛。或许正是因为他对于这种病症的过于恐惧，使得他竟然真的患上了这种病。

　　这个消息传出宫外之后，汤若望立刻赶赴皇宫，流着眼泪，请求允许他觐见皇帝。正卧病在床的皇帝得知他的到来，令人传达说，汤若望的忠诚使他很感动，如果他觉得身体好一些时，他一定会召玛法(顺治称汤若望为“玛法”，即满语爷爷之意。——译者著)进宫的。汤若望又请内臣转奏说，上帝永远保佑皇帝陛下，现在的情况危急到了令他非常着急担心的地步，他请求皇帝，至少把他带来的福书亲自阅读一遍，那上面说的是人死后的情形和天国的永生。当皇帝读了福书后，发出深沉的感叹，他说他也知道，汤若望是真诚地关心和忠诚于他的，但是由于他犯下许多罪过，所以他觉得他没有资格去见上帝；如果他恢复了健康，他一定要信奉汤若望的宗教，可是现在他的病是不允许他来做这件事情的了。

　　当时，还没有册封皇太子，皇太后催促皇帝尽早确定此事。对于皇太子的人选，皇帝想到了一位从兄弟，但是皇太后和亲王们都认为应该从皇子中挑选继承人。于是，皇帝派人去征求汤若望的意见。汤若望完全同意皇太后那边的意见，认为皇太后所选择的那位皇子是最合适的继位人，这样，皇帝最终在汤若望的劝促下，舍弃了一位年龄较长的皇子，而册封了这位庶出的、年龄不满7岁的皇子为皇太子。当时之所以选择了这位年龄幼小的皇子，是因为他在髫龄时已经出过天花，因此一生再也不会受到这种病症的伤害，而那位年龄较长的皇子还没有出过天花，这种恐怖的病症随时可能侵扰他。这位就出于这个理由被选中的皇太子，就是后来成为了中国最伟大的君王的康熙皇帝。这是汤若望最后一次为皇帝所献的一个良策，而为这个国家的前途做出了巨大的贡献。册封皇太子的同时，4位地位尊贵的满族大臣被封为摄政大臣，被赐予“辅政大臣”的名号，他们是：索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜。

　　顺治皇帝在病倒3天之后，便于1661年2月5日到6日的夜间驾崩，享寿还未满23岁。

　　而后，举行了新皇帝登基仪式，文武百官都在大殿中，宣誓为新皇帝克尽忠诚，汤若望也和其他官员一样，必须做这种宣誓。但他首先当着所有官员的面，大声表明天主教的真信仰，然后以天主的名义，参加宣誓典礼。他的举动，给新皇帝的太皇太后和皇太后留下了深刻的印象，竟使他们请这位传教士为新皇帝做祷告，并谕令他的教友们也这样做。

　　4位摄政大臣在开始上任履行职守时，就表现出一种优良的姿态。宫中的5000名太监，竟有4000名立时被革职，驱逐出宫，只留下1000名左右做些下等役务。此外还颁布了新的律令，禁止任何太监干政。那批僧侣们也不得不引退，先皇的后宫也被解散。

　　在短短一段时间内，出于职务上的需要，汤若望拜访了这4位摄政大臣。虽然这4人中有一位——即苏克萨哈——是天主教的敌对者，但是他们还是以极其亲切和蔼的态度接待了他，他们让他坐在身旁，向他敬茶，并且请他以后仍然担当皇帝的顾问一职。至此，汤若望又被尊为太傅，并屡次得到这4位摄政大臣的尊重和表彰。

　　汤若望之所以获得这样的荣誉，其中有一个原因是他发明了一种先进的技术。很多年以前，在北京城外各地曾发现了5口大铸钟，这些铸钟都有200余年的历史，重量惊人。在摄政刚开始的那段时期，要把这5口大钟里最美最大的两口悬挂到一座很高的钟楼上去，为此，汤若望特意设计了一种特殊的起重机器。这5口大钟里面最精美的那个，内外铸有长达万余字的铭文，上面另有种种彩饰，据说它的重量达12万斤，当人们看到，这样一口巨钟竟然被汤若望制造的机器毫不费力引举到高楼上，不禁惊奇万分。不过这座钟楼4个月后不幸被焚毁，大钟也随之受损。但两年之后，也就是在1663年，这座钟楼又被修复，于是汤若望又把另一口铸钟弄到了高高的钟楼上，悬挂了起来。这口钟虽然做工上略为逊色，但是却比前一口钟还要大，按照南怀仁的说法，相比德国艾府城(Erturt)的那口世人公认为最大的钟，这些钟都更为巨大，因为就这口钟而言，它的重量至少有25400德国磅。

　　先皇的母后，即此时的太皇太后实际上掌控着朝廷大政，她对汤若望仍时时怀有善意好感。她尊称他为“义父”，经常给予他丰厚的赏赐，作为一种特别恩惠的表示。她常把她的御宴上的食物分赐给汤若望。这样，直到1664年，汤若望在朝中的地位一直没有变动。