台湾“中时电子报”4月2日报道称，日本“产经新闻网”2日指台湾海洋调查船去年间曾八度“入侵”钓鱼岛周边“专属经济海域”(EEZ)，是历年之最。对此，台涉外部门2日表示，台日专属经济海域重叠情形严重，双方对EEZ划界立场不同，台当局一贯坚持台调查船有权在台主张的EEZ内从事海洋科学调查活动。

日本“产经新闻网”在报道中称，南海各国的主权意识近年来不断提高，台湾也主张拥有钓鱼岛的“主权”，韩国在这十年来也有海调船进入独岛(日称竹岛)的EEZ事件发生。而台湾未经同意进入钓鱼岛海域进行海调次数有逐年攀升的趋势，去年最多高达8次。

对此，台涉外部门表示，基于维系台日友好关系考量，双方在去年召开的第一届台日海洋事务合作对话会议中，同意成立“海洋科学合作工作小组”。台当局盼未来经由该工作小组的协商机制，与日方就重叠海域的海洋科学调查活动达成双方均可接受之合理安排。

美国国防部长马蒂斯(James　Mattis)在今年2月声称钓鱼岛适用美日安保条约。岛内对此抗议声一片。台湾地区前领导人马英九对此表示，台当局应该出来把事情讲清楚。为了东亚安全，台不反对日本跟美国的安保，但是钓鱼岛主权不是日本的。台当局应该要把这个话给讲出来。“即使是因为这样，日本人不高兴，都要讲。