为了精准打击目标，东风-21D反舰弹道导弹采用了多种制导方式，包括卫星制导、惯性制导以及末端雷达制导。

东风-21D反舰弹道导弹还具有3大关键能力：高超声速飞行——速度极快，难以拦截；末端机动变轨能力——接近目标时可突然改变轨迹，让敌方防不胜防；多模式制导系统——能结合雷达、红外等多种方式锁定目标，确保精准命中。这些能力让它能高效执行对航母等目标的精确打击任务，即使在复杂战场环境下，也能保持高生存率和打击成功率。

东风-21D反舰弹道导弹的打击能力可覆盖大型海上目标。例如：其针对300米级以上超大型舰艇具备精确打击能力，对150米级中型舰船同样保持高效打击效果。

东风-21D反舰弹道导弹并非只能用来打击航母本身，航母战斗群内的护航舰艇也在其打击范围之内。由于东风-21D反舰弹道导弹最终攻击速度高达8马赫，而且采用反导系统最难拦截的越顶攻击，使得它在面对现代化防空体系时仍能保持极高的突防成功率。