1904年6月，英军入侵西藏江孜，乃宁寺地处英军的军需供应要道。英军为夺取乃宁寺，与藏军及寺庙喇嘛在乃宁寺乌孜大殿前发生激战。乃宁寺僧民奋勇抵抗，重挫敌军，但因寡不敌众最终全部阵亡。

　　英军攻占乃宁寺后，进行了大屠杀，并将寺内文物洗劫一空，纵火焚烧了寺院。寺庙大门上至今残留英国侵略军的弹痕。