安庆城破前不到半个月，咸丰帝驾崩，享年只有三十岁。直接死因可能是结核，但从较幽微的内心层面来看，逃离京城后未能再回京的他死于羞愧和耻辱。对此消息，太平天国朝廷大喜过望，立即发表檄文，历数咸丰的罪状。同时，他们宣称，五岁大的同治即位为帝，乃是王朝气数已尽的象征。

然而，刚遭遇安庆之败的太平军尚无力进军北京。李秀成虽然西征不利，但在东部仍然所向披靡。他规划攻占浙江，愈来愈不理会洪仁玕的意见。洪仁玕希望他溯长江而上，继续与曾国藩周旋。李秀成则认为海上贸易在取得武器和补给方面具有越来越重要的作用。他不搭理洪仁玕的另一个背景是，桐城战败归来的洪仁玕正在日益失去自己在天平天国内部那独一无二的地位，虽然在外国人眼中，干王仍然和过去一样令人激赏。

清廷这边，咸丰帝临终前留下了八名顾命大臣来辅佐同治帝，为首的乃是肃顺。顾命大臣们有拟制谕旨的权利，但只有两名太后-慈安和慈禧盖章后才能生效，换言之，两宫太后有否决权。八大臣很快就发现，慈安比较好说话，而慈禧并不想事事照他们的意思办。随着她申明自己的独立地位，扬言撤回对他们决策的批可，清一色男性的八大臣和新皇帝生母之间的关系开始变得越来越紧张。

咸丰的遗体终于运回北京。八大臣此时不知道，两宫太后已经和他们的小叔子-留守北京的恭亲王达成了秘密协议，此时的他，由于此前的经营，对北京具有绝对的掌控力。那天下午，肃顺仍在护送皇上灵柩途中，恭亲王召集群臣，宣读经两位皇太后盖印、以小皇帝名义发出的圣旨，指控肃顺等大臣叛国。不久他又拿出另一道圣旨，下令逮捕他们治罪。

加诸八大臣的诸多罪名，主要围绕着那场丧权辱国的对外战争来铺陈，其中一条指控八大臣以卖国建议误导咸丰帝，导致清廷与英法兵戎相向。圣旨指责他们劫持巴夏礼等特使，因而失信于英法联军，招致额尔金挥兵入侵京城。除了要他们为洋人入侵一事负责，这道圣旨还指控他们违反皇上本身的意愿，阻止皇上回京。最后，慈禧太后个人指控他们假造那道指派他们为顾命大臣的遗诏。她宣称咸丰帝死前那一天，她一直待在皇上床边，说他身子弱得无法开口讲话，更别提口述遗诏要臣子写下。

案子很快就审毕定谳。不到一星期，宗人府（审理宗室贵族案件的司法机关）就裁定顾命八大臣犯了上述所有罪行。其中五人遭革职，发配西部边疆。三位高阶成员-载垣、端华、肃顺-被判死刑。