1911年，美国教会北美长老会、美以美会、浸礼会等倡议在长江流域创办一所女子大学，1913年在南京莫愁湖东南绣花巷筹建金陵女子大学，1915年正式开学，首任校长德本康（Laurence Thurston）。

1923年移至随园。1927年后，校务由美国人转交中国人。1928年，徐亦蓁女士被推选为董事会长，吴贻芳女士担任校长。1930年在国民政府教育部立案，更名金陵女子文理学院。1937年抗战迁至四川成都华西坝，1946年迁回南京。 

金陵女子大学办学中设置过16个四年级学科，包括中文、英语、历史、社会、音乐、体育、化学、生物、家政以及医学专科等，在国内外享有声誉。

从1919年到1951年，毕业人数为999人，人称“999朵玫瑰”。