清华世界和平论坛秘书长、清华大学国际关系研究院长阎学通于《国家安全》杂志刊文指出，"台独"将成为中国崛起面临的紧迫问题，台独势力的再度得势可能带来"三海连动"的系统效应，即台湾当局可能会与日本、美国在南海、东海和台海三个战略领域相互配合，联手对抗中国大陆。

阎学通认为，除西藏和新疆的分裂势力之外，台独和港独势力正不断上升，分离主义对中国崛起构成的安全威胁不是在下降，而是在上升。特别是蔡英文上台后，美国对台独势力的支持已呈现为上升趋势。

关于台独对东亚局势影响，阎学通分析，台独势力的再度得势，很可能带来"三海连动"系统效应，即台湾当局可能会与日本、美国在南海、东海和台海三个战略领域相互配合，联手对抗中国大陆。

他举例，一个很迫切的现实问题就是，如果台湾当局、美国、日本在太平岛的12海浬之内搞人道主义联合搜救，北京需要未雨绸缪、提前应对。

阎学通表示，20世纪90年代，中美之间最主要的问题是"3T"，即台湾（Taiwan）问题、贸易（Trade）赤字问题和西藏（Tibet）问题。其中台湾问题是最主要的障碍。马英九上任后，台湾问题虽有所缓解，但随着民进党重返执政，台湾问题很有可能重新成为中美关系中的首要问题，也将是中国崛起面临的最紧迫的安全威胁。