围绕西方NGO的矛盾，正是俄与西方近来冲突的焦点之一。2012年重新入主克里姆林宫以来，普京领导的俄罗斯加大了对NGO的管理。当年7月，普京签署《非政府组织法》，认定赋予接受海外资助并从事政治活动的国内NGO为“外国代理人”的地位。今年5月，俄通过“不受欢迎组织法”。根据该法，“威胁俄宪法制度基本原则、国防能力或国家安全”的外国或国际NGO，可以被认定为“不受欢迎组织”。本月早些时候，俄罗斯联邦委员会(议会上院)要求外交部、司法部和总检察院考虑将包括美国国家民主基金会在内的12家外国NGO列入“黑名单”。22日，同样位列“黑名单”的美国麦克阿瑟基金会主动宣布撤离俄罗斯。
“美国之音”28日称，克里姆林宫一直指责美国和欧洲利用NGO在乌克兰、格鲁吉亚、摩尔多瓦等前苏联加盟共和国资助街头运动，包括发动“颜色革命”推翻亲俄政府。2011年至2012年俄罗斯大选前后，莫斯科爆发大规模街头示威，俄罗斯当局指责西方支持的俄罗斯NGO在背后起到煽动作用。俄《生意人报》称，专家认为，阻止外国NGO从事反俄活动是为了避免国内发生“颜色革命”。
俄联邦委员会国际事务委员会主席科萨切夫表示，一些外国NGO的威胁是很明显的，它们在一些国家推动“颜色革命”后，美国及其盟国曾表示，俄罗斯将是其下一个目标。它们资助俄国内NGO的资金大幅增加，从2013年的370亿卢布增加到去年的700亿卢布，利用国内的NGO破坏国家的政治局势。
西方舆论对俄罗斯的做法展开抨击。美国彭博社28日称，在西方的制裁下，俄罗斯正迎来6年来的首次衰退，而克里姆林宫则在加紧“打压公民社会”。德国《日报》称，从普京第三个任期开始，莫斯科对公民社会的恐吓达到了一个新的层面。特别是乌克兰危机以来，莫斯科对NGO进一步拧紧螺丝。
“普京在窒息自己的国家”，《华盛顿邮报》28日社论的标题将矛头指向普京本人。文章称，在苏联解体后的动荡和不确定性中，政府非常软弱，许多机构摇摇欲坠，在此情况下，西方为俄罗斯提供了重要的生命线。美国政府以及基金会和慈善组织慷慨解囊。现在，普京正利用法律和他控制的议会迫使这些机构撤出俄罗斯。普京的更大目标是破坏公民社会，而这正是统治者和被统治者之间双向沟通的重要渠道。该报当天刊发美国国家民主基金会总裁卡尔·格什曼的文章，指责“镇压公民社会暴露了俄罗斯政权的虚弱”，是普京政权“依靠民族主义恐惧和敌意争取政治支持的典型手段”，也是其面临“日益恶化的政治合法性危机的一个最新迹象”。
