五月一日，日本交流協會台北事務所代表齋藤正樹以個人名義發表「台灣地位未定論」，挑戰我主權定位，引爆馬總統高度憤怒，儘管我已循外交管道表達嚴正抗議，但此風波並未平息。權威消息透露，馬英九原擬要求日本政府撤換齋藤，最後在國安高層緩頰之後攔下。

 　台日高層因此驚爆互信危機！據悉，我對日長期友好，日本駐台代表只要有需要，「幾乎都可求見外交部長級以上官員，甚至總統、副總統。」但齋藤風暴讓台日關係降到冰點，自五月分起齋藤便遭我「公開冷凍」，外交管道更只點名副代表為對話窗口，齋藤在台功能盡失，根本足難出日本交流協會。

　台地位未定論失言 馬高度憤怒

　據悉，馬英九在四月廿八日「中日和約」簽訂五十七周年發表「日本把台灣、澎湖主權讓渡中華民國」談話，想不到齋藤正樹三天後就提出「台灣地位未定論」，讓馬英九相當憤怒，甚至主張採取外交上最激烈手段：要求日本政府撤換駐台代表齋藤正樹。

　但國安會諮詢委員楊永明、我駐日代表馮寄台和外交部次長夏立言立即私下緩頰，認為應審慎權衡大局，不宜貿然行動，否則耕耘已久的台日外交和實質友好將付諸東流，雙方政府也會付出極大代價。因此，原已擬好的聲明緊急撤回，但自此，馬政府與齋藤正樹之間的互動完全化為「零」。

　馬英九要求撤換齋藤一事未成，府方評估後，策略轉由國民黨立院黨團發動另一波攻勢。「台灣地位未定論」發表後三天，國民黨立院黨團立刻作出黨團決議：「建議日本政府召回齋藤正樹」。

　五月十四日，馬總統在台北賓館簽署「公民與政治權利國際公約」及「經濟社會文化權利國際公約」兩項國際人權公約批准書時，外交圈冠蓋雲集獨缺齋藤。六月八日，馬英九再公開簽署「世貿組織政府採購協議」，外交部廣邀駐台使節團，也不見齋藤露臉。

　「公開冷凍」 齋藤在台功能盡失

　據悉，馬英九對齋藤正樹不滿，日本也了然於心，但毫無撤換齋藤的念頭，採取「低調面對、不回應、不換人」態度。

　外交人士指出，我對日採取對峙立場，就好不容易對馬英九建立信任的台日關係來說，「一點好處也沒有」，但齋藤公開言論挑戰到一個國家生存最根本的主權核心，我方當然不能自失立場，必須強加捍衛。

　對照馬英九一上任後，對日本釋出善意，還把今年訂為「特殊夥伴關係年」來說，齋藤風暴的擦搶走火，讓國安外交系統始料未，台日關係堪稱陷入歷年來最緊張時刻。高層對此表示，「我方目前毫無解凍齋藤的跡象，未來仍要端視日本是否再釋善意！」