菲律宾军方向媒体披露该国船只3月2日在南海遭中国军舰“骚扰”后，菲国外交部3月4日也高调表态，称向中方提出抗议。但除了中国驻菲律宾大使馆发言人4日“简短陈述”外，中国方面至今未对此“正式回复”。5日，菲媒体将此解读为被中国“冷落”。菲总统府6日表示，菲南海问题法律专家将在“未来几天”赴北京，和中国就此问题进行讨论。

　　菲律宾《每日问询者报》5日报道说，菲方要求中国就“中菲船只对峙”事件做出解释，但中方对菲方的抗议“置之不理”。报道还称，中国驻菲使馆发言人孙毅没有就对峙事件发表任何评论，仅称中国使馆已“注意”到了有关报道，同时再次重申了中国对南沙群岛及南沙附近海域拥有主权的主张。

　　菲GMA电视新闻网6日以“总统府沉默应对中国冷落”为题报道称，菲总统府目前仍对此保持沉默。总统府副发言人阿韦加尔-瓦尔特5日接受当地电台采访时，拒绝对中国“冷落”菲律宾这一说法置评，仅表示“最好是等待外交部的回应，我们正在等待(中方回应)”。《每日问询者报》则引述菲外交部一不具名高级官员的话称，菲媒体关于中方冷落菲方的报道是“错误的”。他认为，中国驻菲使馆4日的有关声明虽然不是对菲方抗议的正式答复，但“这是非常敏感的话题，我们必须冷静地看待此次对峙事件”，“中方将在合适时间解决此问题”。菲政府官员6日还称，对峙事件发生在礼乐滩海域，在菲国的专属经济区域内，不属于中菲有争端的南沙群岛。

　　事件发生后的3月4日，菲律宾总统阿基诺三世就宣布，已决定派遣一名法律专家赴北京讨论此事。据菲GMA电视新闻网6日报道，菲方派遣的专家是该国目前最为知名的南海问题专家—亨利-本索托律师，他将在“未来几天”访华，“从法律和技术上向中方解释中国无权进入巴拉望岛海域”。本索托是菲律宾国家海洋事务委员会秘书长，也是2009年初菲国会通过的菲律宾《领海基线法》的起草者，该法律将中国的南沙部分岛礁和黄岩岛划入菲领土，曾引起中国强烈反对和严正抗议。

　　但据《环球时报》记者从中国驻菲律宾大使馆了解，实际上，本索托北京之行早在中菲舰船“对峙”事件发生之前就已计划，其赴华的主要目的是向中方解释菲国最近推动的《海洋区域法案》(MARITIME ZONE)和《群岛航道法案》(ARCHIPELOGIC SEALANES)，希望获得中方的理解，因为这两部法案将从法律上巩固菲方对南海地区的主权要求，并加强对这一区域的管理。有分析人士认为，中菲舰船 “对峙”事件有可能成为菲方加快推进这两部法案进程的说辞。

　　菲律宾副总统比奈曾在上月访华，恳请中国“宽恕”因携带大量毒品被中国法院判处死刑的菲律宾毒贩。6日，菲律宾媒体把中国会否“宽恕”几名菲毒贩和此次南海“对峙”事件扯在一起。菲外交部长罗萨里奥6日对此予以否认，称两者“毫不相干”。《菲律宾星报》引述菲外交部高级外交官的话指出，两国发展外交关系时，总会出现这样或那样的问题，但这是预料之中的，只有那些头脑简单的人才将对峙事件与囚犯问题联系在一块。

　　“对峙”事件后，菲军方进一步增强了在南沙海域的巡逻。菲海岸警卫队司令塔马尤5日表示，已向南沙及礼乐滩等海域派了3艘巡逻船，以保护政府的石油勘测船。