苏联于1945年8月出兵中国东北，让731部队的细菌武器成了无用的累赘。为防止罪行曝光，关东军总部密令石井四郎赶在苏军到来前毁灭一切证据。石井心有不甘地看着自己的研究成果化为乌有，向部下发出威胁，要他们把有关731部队的一切带入坟墓。

　　日本人在中国东北迎来了1945年的夏天。对他们来说，8月9日战争就结束了。那天凌晨1点前，苏联出动总兵力150万人，坦克超过5000辆，犹如潮水般地发动了攻势。

　　毋庸置疑，这是石井四郎没有预想到的最坏的事态。面对苏联军队数天内就席卷中国东北的攻势，他已经来不及使用细菌武器了。不仅如此，关东军还必须将已成为累赘的731部队的所有设施，以及必须隐瞒的细菌工厂等证据化为灰烬后才能撤退。

　　关东军司令部的朝枝繁春参谋回忆说，他飞往新京(今长春)，在军用机场的一座机库里与石井四郎交谈了1小时左右，并传达了军部的详细指示：

　　①　贵部全体解散，让部队成员尽早返回日本本土，所有证据物品都必须永远地从地球上消失得无影无踪。

　　②　为此，我已经作出安排，调一个工兵中队携带5吨炸药归贵部指挥使用，必须将所有的设施炸毁。

　　③　建筑物内的“丸太”(俘虏)，必须用电动机加以处理，再放进贵部锅炉内焚烧，然后将其骨灰等投入松花江冲走。

　　④　贵部53名具有博士头衔的军医，必须用军用飞机直接运回日本本土。

　　石井四郎听完命令就要回去时，忽地停下脚步，转过头来不甘心地追问朝枝：

　　“研究资料也不能带回去吗?”

　　或许，他觉得放弃业已完成的研究资料，犹如将身体撕成两半那样痛苦。对于这个“疯子军医”来说，没有什么东西比倾注全力完成的资料更重要了。

　　“不，不能带回去!”朝枝当即拒绝了。销毁所有证据是参谋总长的命令。

　　严令部下把秘密带入坟墓

　　对于研究设施里的混乱情况，部队成员们留下了一些证词。据说，石井四郎在即将撤退之前，站在煤堆上训话，面目狰狞地大吼：

　　“731部队的秘密，要永远守口如瓶。如果有谁泄露了军事秘密，我石井就是追到天涯海角也要将他揪出来!”

　　石井四郎手握军刀，叉腿站立，身上散发着摄人魂魄的妖气。他向众人提出3点要求：

　　1.返回故里也要隐瞒自己曾在731部队服役的事实，掩饰自己的从军履历。

　　2.不得担任一切公职。

　　3.严禁部队成员相互联络。

　　尤其有这么一句言辞激烈的话：“731部队的秘密要带入坟墓!”

　　原731部队人员中，很多人证明曾听见石井四郎说过这句话。他们猜测，石井之所以下达封口令，是因为他本人害怕成为战犯。

　　然而正如上文所述，石井四郎对731部队下达封口令，其实是因为他接到了参谋本部的命令——上层担心731部队的秘密如让盟军发觉，可能会危及日本天皇。这项命令早在石井为自己可能会成为战犯而惶恐不安之前就下达了。

　　供职于大连卫生实验所的目黑正彦证实说，石井四郎还乘坐飞机在平房上空盘旋，从上往下对爆破毁坏的研究设施进行拍摄，并且为了将那些照片洗出来，途中还在大连降落。

　　当天晚上，石井四郎带着被摧毁的平房的照片撤到了新京。第二天即17日，石井部队前脚刚撤退完毕，苏军随后就踏进了平房。只要晚走一天，余下的人员就可能被苏军捕获，随即被押往西伯利亚。日本人走得匆匆忙忙，本想彻底破坏，但由于规模巨大且设施过于坚固，还在燃烧的、怪异的废墟上依然矗立着两根烟囱，没有来得及炸毁。

　　苏军士兵看到，在一片广阔的瓦砾上，有大量老鼠乱窜，还能看到许多兔子、豚鼠等小动物。据说，这一带附近染病的牛羊等家畜成群，还有几百只猴子漫无目的地闲荡。